Reakcja PCR z analizą przyrostu ilości produktu w czasie rzeczywistym (ang. Real-Time PCR). Do reakcji wprowadzane są znakowane (np. barwnikami fluorescencyjnymi) sondy łączące się z DNA, które pozwalają na podstawie odczytów w kolejnych cyklach reakcji określić ilość matrycy (wyjściowego DNA) użytej do reakcji, jak również śledzić przyrost powstającego produktu.
Metoda ta stosowana jest między innymi do pomiaru liczby cząsteczek wirusów lub bakterii w materiałach klinicznych. RealTime PCR jest najlepszym narzędziem do monitorowania postępów leczenia u pacjentów. Określenie wyjściowego poziomu wiremii lub bakteriemii jest wskazaniem koniecznym do rozpoczęcia właściwego leczenia.